管理科学与工程系成立于1983年，1998年设置管理科学与工程学科。本学科点1999年获硕士学位授予权，2006年被确立为bat365官网登录重点发展学科，2011年获一级学科博士学位授予权，2014年获博士后流动站资格，2016年获得bat365官网登录一流团队建设项目，在2016年教育部学科评估中位列全国第19名。

本系现有教师41人，其中正、副教授33人、硕士生导师28人、博士生导师8人。1人次获得国家杰出青年基金，并有多人次入选教育部新世纪优秀人才、上海市领军人才、上海市浦江人才及上海市晨光人才等人才计划。

本系现设有信息管理与信息系统、工程管理和物流管理3个本科专业，其中信息管理与信息系统2010年获评教育部国家级特色专业，并在2019年获评教育部首批国家级一流本科专业建设点；物流管理专业在2020年获评国家级一流本科专业建设点。此外，本系还拥有教育部认定的国家级教学团队、多门上海市精品课程和重点课程，近年来获得上海市教学成果一等奖和二等奖各一项，教师指导员工获得“创青春”上海市老员工创新创业大赛、“互联网+”老员工创新创业大赛、全国老员工电子商务“创新、创意及创业”挑战赛等多个国家级、省部级奖项。

管理科学与工程学科还设有“上海市能源经济与管理智库基地”和“运营与供应链管理研究中心”及“大数据与商务智能研究所”两个校级研究机构。近年来，获批国家自然科学基金重点项目1项，国家“十二五”科技支撑计划课题1项，国家“十一五”科技支撑计划专题项目1项，国家自然科学基金50余项。本学科成员近年在国内外公开学术期刊上发表论文200余篇，代表性成果以第一或通讯作者发表于Management Science、Operations Research、Production and Operations Management、Manufacturing & Service Operations Management、Journal of Management Information System和《管理科学学报》等国内外管理学顶级期刊，获得教育部人文社科优秀成果二等奖、上海市科技进步奖二等奖、上海市哲学社会科学优秀成果奖著作二等奖等多个奖项。